O Agrupamento de Escolas de Penacova foi constituído por despacho de Sua Ex.ª o Secretário de Estado de Educação, a 14 de junho de 2010, e resulta da agregação do Agrupamento de Escolas António José de Almeida e do Agrupamento de Escolas de S. Pedro de Alva, passando a Escola Básica e Secundária de Penacova a ser a escola sede do Agrupamento, a partir do ano letivo 2010/2011.
Atualmente, engloba 13 estabelecimentos de educação e ensino.